Từ thế kỉ XVI, cùng với các cuộc phát kiến địa lí, các nước tư bản phương Tây như Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh đã đẩy mạnh xâm lược các quốc gia Đông Nam Á hải đảo (Inđônêxia, Philippin, Malaixia,…).

Ban đầu, họ xâm nhập bằng con đường thương mại, lập các thương điếm, buôn bán gia vị, vàng bạc và hàng hóa quý. Sau khi nắm được vị trí chiến lược và tiềm năng kinh tế của khu vực, các nước phương Tây dùng vũ lực quân sự để chiếm đóng, áp đặt ách thống trị.

• Tây Ban Nha xâm lược và đặt ách cai trị lâu dài đối với Philippin từ thế kỉ XVI.
• Hà Lan từng bước thôn tính và biến Inđônêxia thành thuộc địa quan trọng nhất của mình.
• Anh chiếm Malaixia, Xingapo và khống chế nhiều tuyến hàng hải quan trọng.
• Bồ Đào Nha chiếm một số cứ điểm ven biển, tiêu biểu là Malacca.

Đến cuối thế kỉ XIX – đầu thế kỉ XX, hầu hết các quốc gia Đông Nam Á hải đảo đều trở thành thuộc địa của thực dân phương Tây, mất độc lập, bị bóc lột nặng nề về kinh tế và áp bức về chính trị, xã hội.