Chế độ thực dân đã gây nhiều ảnh hưởng tiêu cực đến các nước Đông Nam Á: tước đoạt độc lập, bóc lột tài nguyên, làm kinh tế phụ thuộc và đời sống nhân dân khổ cực. Tuy nhiên, nó cũng đưa vào một số yếu tố mới như khoa học – kĩ thuật và tư tưởng tiến bộ, góp phần thúc đẩy phong trào đấu tranh. Ở Việt Nam, thực dân Pháp cũng áp bức, khai thác nặng nề, nhưng đồng thời làm bùng lên tinh thần yêu nước, dẫn đến cuộc đấu tranh giành độc lập.

Quá trình xâm lược của thực dân phương Tây đối với các quốc gia Đông Nam Á hải đảo diễn ra từ thế kỉ XVI đến XIX. Ban đầu, các nước phương Tây như Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh đến buôn bán và truyền giáo, sau đó từng bước dùng vũ lực để chiếm đóng. Bồ Đào Nha chiếm Ma-lắc-ca (1511), Tây Ban Nha xâm chiếm Phi-líp-pin từ thế kỉ XVI, Hà Lan thôn tính In-đô-nê-xi-a và thiết lập ách thống trị lâu dài. Đến thế kỉ XIX, Anh kiểm soát Ma-lai-xi-a và Xin-ga-po. Như vậy, hầu hết các nước Đông Nam Á hải đảo đều lần lượt rơi vào ách thống trị của thực dân phương Tây.

Giữa thế kỉ XIX, trước sự đe doạ của thực dân phương Tây, Xiêm đã thực hiện chính sách cải cách và ngoại giao khôn khéo để bảo vệ độc lập. Các vua Rama IV và Rama V tiến hành mở cửa buôn bán, cải cách kinh tế, quân sự, hành chính theo hướng hiện đại, đồng thời nhượng bộ có chọn lọc về kinh tế và lãnh thổ để tránh xung đột. Nhờ đó, Xiêm giữ được độc lập, chủ quyền, trở thành nước duy nhất ở Đông Nam Á không bị biến thành thuộc địa.

Sau khi giành độc lập, Bru-nây, Mi-an-ma và Đông Ti-mo đều tiến hành tái thiết và phát triển đất nước nhưng theo những hướng khác nhau. Bru-nây ổn định chính trị, phát triển mạnh nhờ dầu mỏ nên có mức sống cao. Mi-an-ma gặp nhiều bất ổn chính trị, xung đột nên kinh tế phát triển chậm dù đã cải cách. Đông Ti-mo là quốc gia trẻ, còn nhiều khó khăn nhưng đang từng bước phát triển nhờ tài nguyên và sự hỗ trợ quốc tế.