- Quy mô và địa bàn rộng lớn: Khởi nghĩa kéo dài tới 10 năm, lan rộng khắp 4 tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh và Quảng Bình. Địa bàn hoạt động hiểm trở, gây rất nhiều khó khăn cho quân Pháp.
- Trình độ tổ chức chặt chẽ: Nghĩa quân được chia thành 15 quân thứ, có kỷ luật nghiêm chỉnh và sự chỉ huy thống nhất. Đây không còn là những toán quân lẻ tẻ mà đã thành một quân đội có tổ chức.
- Vũ khí tự chế tạo: Điểm đặc biệt nhất là Cao Thắng đã nghiên cứu và chế tạo thành công súng trường theo mẫu súng Pháp (súng 1874). điều này cho thấy sự sáng tạo và năng lực vượt trội của nghĩa quân.
- Tính chất quyết liệt: Nghĩa quân đã đánh thắng nhiều trận lớn, khiến thực dân Pháp phải huy động lực lượng khổng lồ và dùng nhiều thủ đoạn hèn hạ (như quật mồ mả tổ tiên Phan Đình Phùng) mới có thể đối phó.