- Sản phẩm từ công nghệ vi sinh vật thường có đặc điểm là an toàn, thân thiện với môi trường, giá thành rẻ, hiệu quả lâu dài.

- Ví dụ: Phân bón vi sinh có khả năng ức chế hoặc tiêu diệt các loài vi sinh vật gây hại trong đất nhằm cải thiện đất, tăng năng suất cây trồng, không gây ô nhiễm môi trường.

Một số chế phẩm enzyme được dùng trong công nghiệp chế biến thực phẩm:

- Chế phẩm enzyme alpha – amylase từ Bacillius stearothermophilus được sử dụng để thủy phân tinh bột ăn để sản xuất maltodextrin và chất ngọt carbohydrate dinh dưỡng.

- Chế phẩm enzyme urease từ Lactobacillus fermentum được sử dụng để sản xuất rượu vang.

- Chế phẩm protease được sử dụng để giảm thời gian trộn, giảm độ đặc và tạo độ đồng đều của bột, điều chỉnh độ bền gluten trong bánh mì và cải thiện kết cấu, hương vị trong các loại bánh mì, thực phẩm nướng, bánh quy giòn và bánh quế.

- Chế phẩm enzyme lipase từ Rhizopus niveus  được sử dụng để cải thiện hương vị, cấu trúc và độ mềm đặc trưng của phô mai.

- Chế phẩm protein thực vật như bromelain, ficin và papain được dùng để sản xuất bia.

Chế phẩm enzyme protease dùng trong công nghiệp bột giặt và chất tẩy rửa khác so với chế phẩm enzyme protease dùng trong công nghiệp dược khác nhau về điều kiện hoạt động và chất lượng:

- Chế phẩm enzyme protease dùng trong công nghiệp bột giặt và chất tẩy rửa có thể hoạt động tốt trong điều kiện nhiệt độ cao, pH kiềm; nhưng có độ tinh sạch thấp hơn.

- Chế phẩm enzyme protease dùng trong công nghiệp dược hoạt động tốt trong môi trường cơ thể; có độ tinh sạch rất cao để đảm bảo tính hiệu quả và an toàn của thuốc.

Một số thực phẩm ứng dụng công nghệ vi sinh vật: Bánh mì, đồ uống có cồn (dùng nấm men); sữa chua, phô mai, các loại rau, củ, quả muối chua (dùng vi khuẩn lactic), bánh kẹo (dùng vi khuẩn tiết amylase) ,...

Điểm hạn chế của nguồn nguyên liệu động vật và thực vật so với nguồn nguyên liệu vi sinh vật trong công nghệ sản xuất enzyme tự nhiên:

- Tốc độ sinh trưởng của tế bào động vật và thực vật trong môi trường nuôi cấy nhân tạo kém hơn của vi sinh vật.

- Chi phí nuôi cấy của tế bào động vật và thực vật tốn kém hơn.

- Nguồn enzyme của tế bào động vật và thực vật kém phong phú hơn.

- Nguyên liệu đầu vào: Đường mía, tinh bột ngô, sinh khối thực vật, phụ phẩm của trồng trọt.

- Nguyên liệu đầu ra: Xăng sinh học

- Một số sản phẩm của ngành công nghiệp sản xuất ethanol sinh học: Xăng sinh học E5, diesel sinh học, khí sinh học

Một số thành tựu về ứng dụng virus để sản xuất chế phẩm sinh học:

Quy trình tạo vaccine:

- Tạo kháng nguyên từ protein hoặc DNA của virus gây bệnh.

- Giải phóng và phân lập kháng nguyên:

Một số ví dụ trong đời sống liên quan đến ứng dụng các chế phẩm enzyme từ tự nhiên:

- Sử dụng chế phẩm enzyme bromelain từ dứa để làm mềm thịt.

- Sử dụng enzyme amylase được sản xuất từ vi sinh vật (nấm mốc, vi khuẩn,…) để làm rượu có nồng độ cao.

- Sử dụng enzyme lipase để cải thiện hương vị đặc trưng của phô mai bằng cách tạo ra các acid béo tự do khi thủy phân các chất béo sữa, cải thiện cấu trúc và độ mềm của phô mai.

- Sử dụng enzyme pectinase từ nấm mốc để làm giảm độ đục, cải thiện màu sắc và hương vị cho các loại nước ép trái cây có nguồn gốc tự nhiên như táo và chuối.

- Nguyên liệu đầu vào của ngành công nghiệp sản xuất khí sinh học biogas là: rác thải hữu cơ, phân và nước thải chăn nuôi, sinh khối thực vật, phụ phẩm của trồng trọt.

- Sản phẩm đầu ra của ngành công nghiệp sản xuất khí sinh học là: khí gas hữu cơ (methan) và phân bón hữu cơ.

- Sản phẩm của ngành công nghiệp sản xuất khí sinh học được ứng dụng trong lĩnh vực như nông nghiệp, công nghiệp, môi trường:

+ Sử dụng khí sinh học để đun nấu.

+ Sử dụng khí sinh học để tạo ra điện. 

+ Dùng nước xả và phân từ hầm khí sinh học làm phân hữu cơ cho cây trồng.